A inscrição, gratuita, deve ser feita exclusivamente pela internet, na página do Prouni. Ao iniciar a inscrição, o candidato será direcionado para a página do GOV.BR, onde deverá efetuar seu cadastro preenchendo todas as informações solicitadas. Caso o candidato já possua cadastro, é só digitar CPF e senha.
Ao efetuar a inscrição, o candidato escolhe, em ordem de preferência, até duas opções de instituição, curso e turno dentre as bolsas disponíveis, de acordo com seu perfil.
O candidato com deficiência ou que se autodeclarar indígena, preto ou pardo pode optar por concorrer a bolsas destinadas a políticas de ações afirmativas.
Durante o período de inscrição, o candidato pode alterar as opções. Será considerada válida a última inscrição confirmada.
Diariamente o sistema do Prouni calcula a nota de corte (menor nota para ficar entre os potencialmente pré-selecionados) de cada curso, com base no número de bolsas disponíveis e no total de candidatos inscritos no curso, por modalidade de concorrência.
A nota de corte é apenas uma referência para auxiliar o candidato no monitoramento da inscrição. Ela não é garantia de pré-seleção para a bolsa ofertada. O sistema do Prouni não faz o cálculo em tempo real. A nota de corte é modificada de acordo com a nota dos inscritos.